一、發酵固體有機肥
發酵有機肥有一些缺點，會引來大量螞蟻扛食，螞蟻會帶來蚜蟲及介殼蟲，吸取植物的汁液，會破壞植物的成長，也會引來其它害蟲。
貓、狗、老鼠也都會聞香而至，施用有機肥的植物也會經常受到一些動物騷擾及傷害，尤其老鼠尤甚。
促進成長用：
(1) 豆粕60kg、骨粉20kg、新鮮米糠(全脂米糠含有解脂酵素（lipase）與氧化酵素（oxidase）且脂肪中多為不飽和脂肪酸)20kg。豆粕可使用壓扁的黃豆餅，含有高蛋白，也就是氮肥及氨基酸的來源。骨粉含磷。
(2) 水30~37℃ 15kg、糖蜜2kg、枯草桿菌15gm、混和均勻。
成株保養用：
(1) 豆粕20kg、骨粉30kg、新鮮米糠20 kg、乾煙草梗（碾至細碎）30 kg。（煙草梗含有5%左右的鉀肥。）
(2) 水30~37℃ 15kg、糖蜜2kg、枯草桿菌15gm、混和均勻。
做法： 將(2)倒入裝於容器內的 (1)，用手攪拌至濕度均勻，然後每天均勻翻攪一次，15天後，或等到不發熱時即可使用，發酵完全期約30天，發酵後亦可曬乾收藏備用。施肥量和市售有機肥相當。
二、發酵有機液肥
枯草桿菌45gm、動物用牛奶25kg、蛋6kg、糖蜜21kg、水30~37℃ 240kg，混合均勻後每天翻攪一次，置放三個月。一般園藝用這種肥份應該很足夠了。
用途及用法：補充高氮肥，促進苗株成長用。稀釋400~500倍。這種液體肥料對蔬菜效果很明顯，而且不會招來害蟲及老鼠的肆虐，一星期施用一次，可以澆灌於蔬菜根部。（動物用奶粉，供動物吃的奶粉，蛋是指生雞蛋，除蛋殼外，蛋黃蛋清全部使用。水溫30~37℃ 是枯草桿菌最適合生長分裂的溫度，若溫度太低，枯草桿菌的孢子生長較慢）
居家自製有機肥，提供自己的配方：枯草桿菌（7.5gm）、糖蜜（1.8kg）、水30~37℃ 30kg、新鮮米糠10kg，麻油粕6kg，混合成膏狀，常攪拌避免固、液分離；因為米糠、芝麻粕含有磷的成份，而大豆粕則沒有，所以就以米糠、芝麻粕代替大豆粕+骨粉（先放活化的菌液後，再放入米糠、芝麻粕，會較好攪拌均勻）。【補充微生物時，不能直接噴灑菌種。必須先將之活化。首先準備消毒後的水缸，加半滿清水(井水、灌溉水或泉水)後，添加總水量5%至10%的糖蜜，用力攪勻再加枯草桿菌種(1/3000)及魚精(1/500)，打氣、攪拌，活化12~24小時。用清潔紗網蓋覆束緊，以防蟲類侵入。發酵約一星期時氣泡大量產生，待發泡停止(約三週後)即可開始使用，此時應有清醇的醬香，可繼續使用一、兩個月。 】 使用時再加適量發酵後的豆餅水(生的青仁黃豆漿加酵母菌發酵100天)混合，以防"搶氮現象"的發生，於加入豆餅水後應即刻使用。
三、「牛奶肥」是給果樹用的，也不是只有動物用牛奶，一定要添加適當菌種發酵，而且常加入糖蜜、蛋、豆餅粉、米糠、海藻、磷礦或海鳥糞.....等用水混合，經15~30日攪拌發酵，再稀釋於水中去施肥。
土壤中有益微生物對作物之生長有直接或間接的影響，這些微生物種類有固氮菌、溶磷菌、菌根菌、硝化菌、光合成菌及各種拮抗菌等。其作用功能機制各有不同；例如增進土壤氮素來源、增加養分的有效性、釋放植物生長素、增進作物根系生長及養分吸收、分解土壤中有毒物質等。
有益微生物或特定菌的培養，是中興大學植物病理系學生自大學、碩士及博士學程必修的課程，也是本系的強項。二十一世紀的人類兩大訴求─人類健康及環境保育，生態完整性都和微生物(真菌、細菌、病毒、線蟲)脫不了關係。 微生物的培養，先得確定其特性、營養需求、適合環境，如氮碳源、維生素、酸鹼度、溫度、照光度、濕度等。人類利用微生物來釀酒、提取抗生素、醬油、飼料添加、味精、生質能源等，都在微生物生物科技項下。 自古以來釀酒及醬油製造，即使是科學發達的今天，依然使用天然素材，搭配條件控管。世界最大的味素公司也得在南洋地區種植樹薯(casava)來作為發酵原料，或以地瓜及甘蔗等來製造酒精。上述產業在固體及液態發酵中，掌握該微生物的特性是成敗關鍵。 千百年來，釀酒及醬油製造，以前也沒像今日一套上億的全控發酵槽，它靠的是經驗上對發酵菌的認知。反觀目前許多農友，對菌寵愛有加，把自認的營養品都加下 去，如奶粉、雞蛋、胺基酸、藻類等，甚至還有加人蔘、珍珠粉及牛肉萃取精。在微生物無法全部利用下，雜菌就來了。牛奶養份高，也得有特定的微生物去分解； 奶油最好去掉，畢竟能快速分解油脂的菌類不多；藻類含維生素及鉀高，有機農業可好好利用，但也得能分解萃出；雞蛋就給小孩子吃就好，微生物不用吃這麼好； 胺基酸是微生物分解後的產物，本身就會產生，只是種類和量的多寡。 微生物的生長過程有曲線的，從開始生長期(Lag phase, Log or exponential growth phase)上衝到最高，就處於停滯期(Stationary phase)，往下就進入所謂的衰亡期(Death or logarithmic decline phase)。 只要您培養的材料是該微生物所需，方法(如好氧菌需通氣)對，培養後其中所含的養分快沒了，又含有抗生物質，別的菌較不易侵入，雖然有些微生物可利用別的微生物的代謝產物，但如果您原先的菌株強，這個情形會少發生。這個道理，就是我可以讓農友們在開放的空間去製造便宜的發酵液的原因。 土壤有益微生物的種類月多越好，例如多醣類(米麥高梁)，麴菌利用其能量而分解為單醣，被轉化為的產物類(單醣)，又成為酵母菌的食物，酵母菌分解利用過的單醣，被轉化為酒精而遺棄，但這些酒精則又適合醋酸菌的需要，它又被醋酸菌利用之後，終被轉為醋酸.酵母菌發酵時，產生的廢氣(二氧化碳)又為光合成菌取用為製造葡萄糖的原料。微生物群如此相輔相成地生活一起，因此施用微生物生物時，單一菌種的施用，其效果遠不如綜合微生物群的施用。 植物體包括根、莖、葉、花、果實，事實上它整體的表面穿著有一件微生物的外衣。在土壤中根的表面週圍約5厘米的範圍內，重重地圍繞著高密度的微生物，稱之為〝根圈菌〞。植物排出其特有的分泌物吸引無數的根圈微生物於其週圍，始得根部週圍的微生物密度遠超出非根部的土壤區域，生活於根圈的微生物也分泌出各種有機物，包括氨基酸、低分子醣類、低分子核酸、生長激素及各種酵素等等，這些有機物對植物生長生殖等生理作用有顯著的效果，對農產品的質與量的提升貢獻甚鉅。 其他更有微生物侵入根部組織內，在根細胞內繁殖，這類稱之為〝菌根菌〞，但它不但不破壞根部組織,卻更能與根部細胞交換物質，共存共榮，促使根部活力、吸收力的增強，有利於植物健全的生長與自然抗病力的加強。在植物體表面也附著有無數的微生物，這一些微生物的存在，不但能使植株強壯，更能保護植物、減少病害。 植物營養三要素氮、磷、鉀，氮為植物體上很多重要有機物的主成分，也是生命體中蛋白質以至原生質的組成分。 磷元素進入細胞以後，一部分用於合成磷脂、DNA和RNA；一部分用於合成ATP；其餘部分以無機磷形態存在於細胞質中。磷為生命體中所有能量的來源。所有的磷元素都必須成為游離的磷酸鹽才能被吸收，磷的吸收量隨著鎂、鐵和其他元素吸收量的增多而減少，磷會同這些元素結合成不溶性的複合物由糞便排除體外。人體缺磷會導致疲勞、食慾下降和骨頭失去礦物質。由於很多食物中都含有較多的磷元素，所以磷的人體缺乏症並不多見。 鉀元素在植株體內不形成穩定的化合物，而是呈離子狀態存在，主要是以可溶性無機鹽的形式存在於細胞中，也有的是以鉀離子形態吸附在原生質膠體表面。在幼葉、幼芽和根尖部位，鉀元素的含量最豐富。鉀元素對蔬菜自身的營養功能有：(1)促進光合作用，提高二氧化碳的同化率。(2)促進光合作用產物的運輸。鉀元素能促進光合產物向貯藏器官運輸，增加〝貯藏組織〞的貯存量。(3)促進蛋白質合成。缺鉀時，植株體內蛋白質合成減少，可溶性氨基酸含量明顯增加。而且有時候植物組織中原有的蛋白質也會分解，導致胺中毒。鉀元素能促進蛋白質合成還表現在能促進根瘤菌的固氮作用。(4)參與細胞滲透調節作用。鉀元素對於調節植物細胞的水分潛勢有重要作用。(5)調節氣孔運動。抗病性，鉀元素對增強植物的抗病性有明顯作用。鉀元素能使組織的細胞壁增厚，提高木質化程度，因此能阻止減少病原菌的入侵和昆蟲的危害。另外，由於鉀元素能促進植物體內的低分子量化合物(如單醣、游離氨基酸等)轉變為高分子化合物(蛋白質、纖維素、澱粉等)，減少了可溶性養分，因此可以抑制病菌的孳生。鉀元素對於人體的營養作用主要表現在：對保持人體細胞和血液之間的電化學平衡起重要作用。鉀元素還參與細胞內許多酵素的功能，缺鉀會引起心神不安，不過一般情況下食品中都含有足夠的鉀供人體攝入。 錳(manganese)：錳被稱呼為愛情的鹽，它與動物的生殖機能有著明顯的關係，在一些研究中發現其與不孕症有關係。而植物缺乏錳時，葉綠素的生成及發育不很順利，葉將變成黃白化(choruses)。同時錳不足時，對光合成能力將引起障礙，對Vitamin C的生成發生影響。 鐵：在人類的血液中5公升即含有約3公克的鐵。鐵是血紅素核心，血紅素負責將氧氣輸送到人體各各需要氧的部位上，擔任重要任務，人體缺缺鐵時血紅素形成不足將造成貧血。在植物體內，鐵成為各種酵素的材料。這些酵素中，一部分與葉綠素生成有關聯。故缺乏鐵的植物，不容易形成葉綠素，葉將變黃白化。鐵不易在植物體中移動，因此上位葉將先變成黃白化為其特徵。 銅：在人體內鐵形成血紅素時，需要銅的幫助，即銅為輔助酵素。1931年始知道在植物生長上需要有銅存在的事實，銅大量存在於細根部位，在該部位執行其任務。當氮素的供給量過多時，將發生缺銅的症狀，由此推測其與蛋白質利用有關係。 鋅：鋅與頭髮的發育有關係，同時亦被認為與動物的生殖機能有關係，男性缺乏鋅時攝護腺液不足將影響精蟲的活動，女性則有潤滑不足之問題，味覺也有關係，與乾眼症亦有關。果樹缺乏鋅時，落葉果樹將發生小葉症，葉全部將變小，而大葉減少為其特徵。同時鋅與支配植物伸長酵素有關聯，在缺乏鋅的土壤，樹木不能長大。 硼素：硼素是將光合成在葉中形成的物質，運搬至根或果的重要礦物。硼素缺乏時，植物的生長受抑制，幼芽將死滅。葡萄缺乏硼素時將發生彎曲蝦狀形態，枝條彎曲而落花嚴重，結實不整齊，發生若干的小型無核粒，硼與花粉發芽有關，故缺之時花粉管無法伸長生長。柑桔缺乏硼素時，葉柄將軟木化，發生龜裂而落葉。甜菜、蕪菁、蘿蔔、白菜等將發生心腐病，蘋果發生縮果病，木瓜形成猴面果。 鉬：鉬在微量要素中的歷史最淺，1935年始被認定其重要性。缺乏鉬時，Vitamin C形成減少，同時鉬亦可增加作物對Virus的抵抗力。
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