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通常在化石化的過程，骨骼會隨著地層環境的礦物成分和化石化的因素，而有著不同的礦化、填充或置換現象，

↓像這件牛肢骨化石中間的海綿骨和液態骨髓已經消失，只剩下中外層的海綿骨和最外層的緻密骨，

↓海綿骨已經被礦物填充了，這礦物可能是碳酸鈣或二氧化矽，本件的成分尚未鑑定...

骨骼化石化的類型通常有礦物填充、礦物完全置換取代，或者未變化(亦即受到很好的保護，未受到礦物作用)，而通常會填充或置換取代骨骼的礦物有三大類：碳酸鈣、氧化鐵和二氧化矽，有時候這些礦物會混合在同一個骨骼裡...

像台灣八里海邊大南灣層的哺乳動物骨骼化石，幾乎都是氧化鐵填充，造成具有深色鐵質的顏色和重量，

恆春四溝的哺乳動物骨骼化石則是碳酸鈣和氧化鐵同時填充，常常發現骨骼裡有透明的方解石，

而台南菜寮的骨骼化石受氧化鐵或其他礦物填充不甚完好，所有有些很鬆散、很脆、有些則很硬，

美國的恐龍骨骼化石很多則是瑪瑙填充，可能有大部分的骨骼成分也被置換掉了，但是海綿骨的生理構造非常清楚，造成整個骨骼具有美麗而透明、透光、多彩的顏色，

↓大多數被二氧化矽填充的骨骼是不透明的，只是色彩比較豐富些，   但有些就像這件一樣，是被透明的瑪瑙填充..所以很自然的透光了...

清晰可見在海綿骨的空隙裡填滿了透明的瑪瑙，對於喜好化石的人而言，一則喜歡化石的稀有特殊種類，一則喜歡化石化後的礦化之美！