大多數人吃巧克力是為了消遣，但巧克力本身也存在一些保健功效；舉例說可可粉或者黑巧克力對循環系統有益處，同時也具有抗癌、刺激大腦活動、預防咳嗽和止瀉等功能。只是市售的巧克力常添加過高的精緻糖、飽和脂肪及加工過程會抵銷其保健功效。
循環系統
經證實後，未加工可可粉與黑巧克力是對人體有益處的，它能保護『低密度脂蛋白』不被氧化。
《美國臨床營養學雜誌》報導，黑巧克力可降低血壓，因為黑巧克力中的豐富黃酮(※或可稱兒茶素)具血管張力作用，可有效改善血壓。據統計，黑巧克力可平均降低10%血壓。一些研究還發現，每天適度食用黑巧克力可以降低血壓並有利於血管的擴張，但是食用牛奶巧克力、白巧克力、或喝含巧克力的牛奶，則似乎沒有健康效益。加工可可粉（所謂的荷蘭巧克力），加工可可粉與“原始”可可粉相比，它的抗氧化能力則是大大減弱了。因為可可粉加工後會破壞大多數黃酮類化合物。
巧克力中的脂肪1/3形態為硬脂酸甘油脂（飽和脂肪酸）和油酸甘油脂（不飽和脂肪酸）。而且，與其他飽和脂肪酸相比，硬脂酸並不會造成血液中低密度脂蛋白-膽固醇（LDL-膽固醇）濃度上升。攝取相對大量的黑巧克力和可可似乎不會提高血清LDL-膽固醇濃度；有些研究甚至發現，它可以降低其濃度。事實上，定期食用少量的黑巧克力可以降低心臟病發作機率。一項由斯德哥爾摩Karolinska研究所進行的研究發現（刊載於2009年9月的內科雜誌），每個星期至少吃兩三次巧克力的心臟病患者死亡機率與沒有吃巧克力的心臟病患者相比減小了2/3。
抗氧化
可哥比起其他含有多酚抗氧化劑的食物和飲料還擁有更強的抗氧化作用，瑞士蘇黎世大學醫院最新報告指出，每日少量黑巧克力可顯著增加吸取抗氧化劑，研究並指出，黑巧克力含有的抗氧化劑高於紅酒、茶及莓類水果。
抗憂鬱
巧克力所含的可可鹼，的確能使人情緒興奮，有抗抑鬱效果。
降低血壓
保護心血管 美國心臟學會最新研究，黑巧克力能降低心臟病的危險，因為巧克力多酚可改善血液循環，防止心血管疾病；並且多酚能減少壞膽固醇量，有效避免氧化及動脈硬化，降低心血管疾病及中風機率。
降低膽固醇
可可豆中的可可脂是天然脂肪，雖然含很高的飽和脂肪酸，但對血液中膽固醇水準沒有影響，而單元不飽和脂肪酸中的油酸可以降低體內膽固醇濃度。
肌肉恢復
一項研究由詹姆斯麥迪遜大學提交給美國運動醫學學院年會上顯示出，運動後飲用低脂巧克力牛奶提供平等的或可能優於肌肉恢復藥物，高碳水化合物飲料亦恢復同樣數量的熱量。 運動員飲用巧克力牛奶明顯較低濃度的肌酸激酶指標的肌肉損傷，而飲酒者的碳水化合物飲料。出汗造成的損失也很重要液體和礦物質，包括鈣，鉀和鎂。兩小時後，視窗工作是一個重要的，但往往被忽視的機會恢復。
預防與緩和腹瀉
黑巧克力成分中的化學物質，是最自然的止瀉劑。美國奧克蘭大學的一項新研究顯示，黑巧克力中的可可粉含黃酮，可用於營養補充品，並能幫助預防與緩和腹瀉。
其他好處
1.研究表明了一種特殊類型的可可能夠延遲大腦功能下降。
2.提升好心情:巧克力成分中的色胺酸，可幫助人體合成血清素，當人體內的血清素充足，便能穩定情緒於和諧中，通常女性的血清素比男性少，所以女性比男性容易有情緒不穩、嘮叨、鑽牛角尖等負面情緒反應，因此女性吃巧克力後，更容易讓心情轉好。
粉刺
各種研究指出此問題不在巧克力，而是其他的高血糖食物。
鉛
最近的研究表明，可可豆本身雖然很少吸收鉛，它往往綁定到可可殼和污染可能會出現在生產過程中。最近同行評審的出版物說在巧克力中發現大量的鉛。美國農業部的研究在2004年，每克的巧克力樣本平均含鉛量的介於0.0010至0.0965微克之間，但一個瑞士研究小組在2002年另一項研究中發現，一些巧克力含鉛量達到0.769微克每克，接近國際標準限制1微克每克。2006年，美國FDA將在糖果的允許量降低至國際標準的五分之一。
動物毒性
對於如馬、狗、鸚鵡、小老鼠和貓等動物，因為牠們體內無法進行有效的化學代謝來代謝可可鹼。如果牠們誤食巧克力，可可鹼將留在血液中長達20個小時，這些動物可能會出現眩暈、嘔吐、腹瀉、多尿等中毒症狀，導致癲癇、心臟病、內出血，最終死亡。獸醫會進行催吐，並在兩小時以苯二氮或巴比妥對癲癇解毒，並投與抗心律失常藥治療心律不整。
一個標準的20公斤（44磅）的狗食用不到240克（8.5盎司）的黑巧克力以後，通常會發生腸道疾病。但也未必出現心跳過緩或心跳過速，除非它吃至少0.5公斤（1.1英鎊）的牛奶巧克力。黑巧克力有2至5倍的可可鹼，因此對於犬類更加危險。據Merck獸醫手冊所說，大約每公斤體重的狗食用1.3克Baker's 巧克力（0.02盎司/磅），是足以造成中毒症狀。例如，一個標準的25克（0.88盎司）Baker's 巧克力就足以使20公斤（44磅）的狗產生症狀。雖然大型狗的安全食用量更高，但是仍然遠小於人類的食用量（1/4），所以要避免狗誤食巧克力。
作為興奮劑 巧克力含有多種物質，其中一些具有影響身體化學。這些措施包括：
大麻素
精氨酸
咖啡因，目前在較小數額
多巴胺
甲基嘌呤（可可鹼，咖啡因和茶鹼）
單胺氧化酶
草酸
苯乙胺，內源性生物鹼有時稱為'愛化學品，它是通過快速代謝單胺氧化酶- B和未達到大量腦
苯丙氨酸
羥色胺
糖
可可鹼，主要生物鹼固體可可和巧克力[和部分負責巧克力的騰雲駕霧效果
茶鹼
色氨酸，一種必需氨基酸和前體的複合胺
對於人類，巧克力是一種溫和的興奮劑，主要是由於可可鹼的存在。白巧克力只含有微量的咖啡因和可可鹼，因為這些化學物質包含在可可，而不是可可脂。
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