光合菌是一種以光為能源，行合成機制的原核生物，在厭氧環境下進行不生成氧氣光合作用之細菌。其種類包含紫色細菌與綠色細菌兩大類，紫色細菌可分為紫色含硫菌和紫色非硫菌兩類；綠色細菌分為綠色含硫菌(Chlorobiaceae)及多細胞絲狀綠菌。光合細菌可將氨、亞硝酸、硫化氫，轉化為生長過程中所需之養分；亦可利用氧化電位比水還低之基質，如硫化氫或簡單的有機化合物，將還原物質轉化，增加氧化還原電位，淨化污水之水質。因為光合菌為厭氧菌所以它再作用轉換水中氨、亞硝酸、硫化氫…………等物質時並不會消耗水中的氧氣，與硝化菌相比光合菌就有許多硝化菌無法比擬的地方，例如:好氧性硝化菌雖然可以處理水中的氨，但是在處理氨的同時也會減少水中的氧氣，而使水中生物有缺氧的疑慮，厭氧性硝化菌雖然不會吸收水中的氧氣，但它作用後的的產物硫化氫(一般存在於底砂當中)一但不小心經翻動回到水缸中其毒性不小於氨，而光合菌就沒有以上的缺點，只需要光照,不會減少水中的溶氧量，也不會增加其他有害物質，在漁場操作上是我經常拿來添加在魚池中的一種菌種，用來增加好菌，使壞菌減少並改善水質，增加魚蝦類的免疫能力。
光合菌的應用範圍很廣：
1.水族上的應用，可去除水中之硫化氫與氨、氮，改善魚缸環境，降低病害及提高產量；
2.光合細菌含有豐富蛋白質、維生素、類胡蘿蔔素，可做為魚貝類的飼料添加劑；
3.光合菌可生產多種酵素，如：amylase、cellulase、catalase-peroxiadse、L-asparaginase…等。
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