菊石屬於軟體動物門，頭足網，菊石亞綱(Ammonoidea)。現今的古生物學研究認為：菊石演化自一種直殼式的古鸚鵡螺類－桿角石(Bactrites)，然而關於菊石的分類大綱，可說是眾說紛云，大致上來說，比較一致的想法是將菊石分為九大分類群，通常處理為九個目或九個亞目。關於菊石的分類研究資料，個人覺得法國人提供了較多具參考價值的研究訊息，因此根據wikipedia法文版的認定，採用菊石亞網分成3目9亞目的分類法供大家參考：
Ⅰ GONIATITIDA 稜菊石目
1_ANARCESTINA 反古菊石亞目，2_CLYMENIINA 海神菊石亞目，3_GONIATITINA 稜菊石亞目
Ⅱ CERATITIDA 齒菊石目
4_PROLECANITINA 原腔菊石亞目，5_CERATITINA 齒菊石亞目
Ⅲ AMMONITIDA 真菊石目
6_PHYLLOCERATINA 葉菊石亞目，7_LYTOCERATINA 弛菊石亞目，8_AMMONITINA 真菊石亞目，9_ACYLOCERATINA 勾菊石亞目
1_ANARCESTINA 反古菊石亞目 ↑
反古菊石亞目可以說是最原始的菊石，演化自桿角石類，於泥盆紀初期出現，於泥盆紀大滅絕事件中消失殆盡。反古菊石類擁有最簡單的縫合縫，和古鸚鵡螺類一樣，隔壁頸是背向殼口的，但體管則是在腹側。在泥盆紀後期較晚演化石來的海神菊石亞目、稜菊石亞目、原腔菊石亞目都是反古菊石亞目的後裔，也可以說反古菊石類是所有菊石的共祖。
2_CLYMENIINA 海神菊石亞目 ↑
海神菊石類算是曇花一現的原始菊石類，在泥盆紀晚期出現，並於泥盆紀末的大滅絕中消聲匿跡。和古鸚鵡螺類一樣，隔壁頸是背向殼口的，但體管卻是在背側，也就是靠近臍部，這點和其他菊石截然不同。
3_GONIATITINA 稜菊石亞目 ↑
稜菊石類大都有著圓滾滾的殼形，出現於泥盆紀，逃過泥盆紀大滅絕，繼續存活於古生代後期的海洋，可說是古生代後半時期最成功，最廣泛分佈的菊石，可惜在最慘烈的二疊紀大滅絕後消失殆盡。
4_PROLECANITINA 原腔菊石亞目 ↑
原腔菊石也出現於泥盆紀後期，但種類和數量並不如稜菊石亞目，原腔菊石有著較稜菊石更複雜的縫合線，通常有著扁扁碟狀的殼形，和稜菊石類不同的是：原腔菊石採取的生存策略是“游得更快”。一直繁衍至三疊紀，才被牠們的後裔－齒菊石類所取代。
5_CERATITINA 齒菊石亞目 ↑
二疊紀大滅絕後，高達百分之九十幾的生物消失殆盡，尤 其是海洋生物最慘重，而倖存的齒菊石類迅速輻射演化，填補古生代菊石生態區位的空缺，繁盛於三疊紀的海洋，可說是三疊紀菊石的代表。
在三疊紀晚期，出現了縫合線更加複雜化的葉菊石類，歷經三疊紀末較小規模的滅絕事件後，齒菊石類消失，繼之而起的真菊石類開啟了侏儸紀到白堊紀菊石最繁盛的黃金時代。而葉菊石類被視為所有真菊石類的共祖。葉菊石類的外觀都很類似，沒有很突出的殼飾，種類並不繁多。
弛菊石顧名思意，就是鬆弛的意思，外環和內環只是靠在一起，通常並未連接。弛菊石類可能演化自葉菊石類，也有很複雜的縫合線，生活於較深的海域。弛菊石類外觀都很類似，沒有發達的殼飾，只有細密的肋條和收縮帶(constriction)，種類並不繁多。
8_AMMONITINA 真菊石亞目 ↑
一般所謂的菊石(ammonites)，也就是“狹義”的菊石就是指這種真菊石亞目的菊石，種類、數量與形式繁多，幾乎分佈於世界各地包括南極的地層，算是演化最成功的一類菊石，也是侏儸紀到白堊紀最豐富的高等無脊椎動物。
這類菊石通常稱為Heteromorphs，中文叫“異形菊石”，日本人稱“異常捲曲菊石”，匪夷所思的扭曲殼形，令人對其種種大感不解。勾菊石亞目可能演化自侏儸紀晚期的真菊石亞目，於白堊紀早期開始快速演化，尤其是白堊紀中後期的塔菊石超科與船菊石超科更是大量的輻射演化，也是一種很重要的地質年代指標化石。
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