生物性肥料通稱微生物肥料，是指含具有活性的微生物體，如細菌、真菌、藻類等微生物的微生體及其代謝產物的特定製劑。中興大學土壤環境科學系教授楊秋忠指出，微生物肥料是經人工篩選培養後，來自土壤的活菌種或生物。簡單點說，生物性肥料是取自於大自然某種有益農作物生長的微生物，透過生物技術的運用，製成特定的製劑，噴灑在農作物上，利用這些微生物來增加肥料的供應、提高土壤中養份的吸收、改善土壤的性質、增加農作物抗病、耐旱和耐寒等功效。同時，生物性肥料具有無污染、無肥傷、施用量少、對生態環境具友善性等好處，而且生產的成本比化學肥料和有機質肥料更為低廉。
不過，自然界中雖然存在著許許多多的微生物，但不是所有微生物製成的生物性肥料對農作物都是有顯著效益的。目前國內生物性肥料的研發，主要鎖定根瘤菌、溶磷菌和菌根菌等有益農作物生長的菌種，進行繁殖和量產。對農業環境、生態及國人身心健康的實質保護效益，則遠遠超過表面的增加農民收益之金額。
農業委員會農業試驗所簡宣裕研究員指出，未來生物性肥料的研發趨勢將朝向多功能及複合技術的方向邁進，即利用生物技術進行生物性肥料與有機質肥料的複合，或者是生物性、化學和有機質肥料三者的複合等，也就是找到三者間的最佳複合配方，以產生功能最好、效度最高，應用於作物、土壤種類及氣候條件較廣的肥料。
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