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焦蟲的治療，並沒有一個治癒的保證，事實上，假如一隻沒有症狀的焦蟲患狗，並不值得去承受副作用的發生，而實施治療工作。
 目前常用藥物如下：
A. Diminazene Aceturate (Berenil)(焦蟲靈)。 3.5 mg/kg 皮下注射或肌肉注射，單獨一針，如果針對Babesia gibsoni劑量要提高或次數增加，可能副作用有：噁心、低血壓、注射處疼痛、痙攣，某些嚴重反應。

B. Imidocarb Dipropionate(Imizol) 5 mg/kg 皮下注射，單獨一針，如果針對Babesia gibsoni ，需要連續2週各一針，可能副作用：注射處疼痛、肌肉震顫、流口水、心跳加快、身體發抖、發燒、臉部水腫、流淚、不安。事前注射Atropine可以預防這些症狀。

C. Trypan blue 這個藥可以防止焦蟲進入紅血球中，所以可以減少感染的症狀，副作用很少，需要靜脈注射給藥。
D. Phenamidine Isethionate 15mg/kg 皮下注射，連續2天各一針，此藥與Pentamidine Isethionate相似，對Bebasia canis較有效。
E. Quinuronium sulfate與瘧疾的治療相似，用藥是連續2天各注射一次。
F. 目前較新的治療方式是綜合Quinine、clindamycin，以及Azithromycin、 Atovaquone來治療。

 劑量
A. Quinine 650mg q8h and Clindamycin 600mg q8h for 7days
B. Atovaquone 750mg q12h and Azithromycin 500mg(day1)，250mg(之後)q24h for 7 day
其中第二組效果比第一組好，而且副作用較少。使用這類藥物來治療焦蟲，未來應該會愈來愈多。Babesia gibsoni治療上較Babesia canis困難，清除率較低，需要較長期的監控血液值、臨床症狀、血片中的蟲體是否持續出現來評估是否需要持續治療。一般至少需要四個療程以上(每一療程為一星期)才能停止治療。其他可選用的藥物包括有Imidocarb diproprionate，此為FDA核准用藥，但與diminazine aceturate相較而言，費用較高。有文獻上提到早期治療犬焦蟲的藥物Imidocarb dipropionate ( Imizol) 只對Babesia canis有效，但對Babesia gibsoni則無法完全清除，建議可以配合Clindamycin以及Metronidazole 一起使用，或者是其他更好但更昂貴的藥物。

另外看到希望動物醫院網站上所提供的補充資料：
A. 根據歐美的研究 Atovaquone + Azithromycin 效果試驗83％有效。
B. PCR test陰性唯一治療法：mepron (Glaxo Smithkline ) 13.5mg/kg, 口服,一日三次 10天
C. Azithromycin 10mg/kg, 口服, 一日一次 10天